Die Partnerorganisation in Madagaskar ist integraler Bestandteil des Konzepts von miray. Sie soll die vor Ort ausgearbeiteten Projekte in Zusammenarbeit mit miray genehmigen, deren Ausführung begleiten und auch kontrollieren. 

Basis der Partnerorganisation bilden die madagassischen Missionare von der Heiligen Familie in Zusammenarbeit mit der Diözese Morombé. Entsprechend setzt sich der Vorstand der Partnerorganisation aus Missionaren zusammen. Es sind dies P. Richard (Leiter, Tuléar), P. Théogène (Fianarantsoa), P. Séraphin (Morombé), P. Benjamin (Lyon) und P. Herinirina (Ambalavao).

Die Partnerorganisation ist verantwortlich dafür, Projektideen zu sichten und in Absprache mit dem Provinzial der MSF und/oder des Bischofs von Morombé zu entscheiden, ob sie an die Schweizer Organisation weitergeleitet werden. Wird die Finanzierung genehmigt, wird die Organisation dafür verantwortlich sein, die Ausführung der Projekte zu begleiten und Abrechnungen zu kontrollieren oder zu erstellen.

Für ihre Arbeit zieht die Partnerorganisation ausgewählte Laien mit hinzu, die sie in ihrer Arbeit unterstützen. Das können beispielsweise Fachleute sein wie Architekten. Die Organisation wird von Miray-Madagaskar mit einem jährlichen Beitrag zur Deckung von Unkosten unterstützt.